在判断某一案件为刑民交叉案件后，法院就应该确定适用哪一种程序审理该案，即对刑民交叉案件处理方式进行选择。刑民交叉的处理程序是一个相当复杂的问题，在司法实践中主要有三种处理方式：先刑后民、先民后刑、刑民并行。
       （1）先刑后民。长期以来，在审理刑民交叉案件的过程中，先刑后民作为主要处理方式被运用。先刑后民，是指法院在审理民商事纠纷时，发现涉嫌刑事犯罪，应当由侦查机关对刑事犯罪事实进行处理，法院必须先对刑事部分进行审理，再就民事部分进行审理，或者由法院审理刑事部分时附带审理民事部分。先刑后民，不仅适用于一般的民商事纠纷与刑事犯罪交叉案件，还是处理刑事附带民事诉讼案件的主要方式。《刑事诉讼法》第104条规定：“附带民事诉讼应当同刑事案件一并审判，只有为了防止刑事案件审判过分迟延，才可以在刑事案件审判后，由同一审判组织继续审理附带民事诉讼”。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第161条规定，当事人可以在刑事判决、裁定生效后另行提起民事诉讼。上述规定间接确定了法院审理刑事附带民事诉讼适用先刑后民的做法。先刑后民依据的是公权优先的司法理念。刑法是公法，代表的是国家公权力，主要保护的是国家和社会的利益，而民法是私法，代表的是私权利，主要是保护公民个人利益，在公法与私法发生冲突时，公权优于私权，应当放在首要地位，体现在责任承担上，要求刑事责任先于民事责任。当前先刑后民不断受到质疑和挑战，但是其存在的合理性是不可否认的。首先，有利于节约司法资源、提高诉讼效率。刑事诉讼在获取证据能力上、证明标准上都高于民事诉讼，使得刑事案件中认定的证据可以适用于民事案件，反之则不一定；刑事诉讼追求的是案件的客观事实，民事诉讼追求的是法律事实，刑事诉讼先于民事诉讼进行或者刑事附带民事诉讼方式，可以防止就同一事实进行两次调查，并且可以及时有效地处理案件。其次，有效地保障国家利益和社会公共利益，刑民交叉案件中，社会利益和公民权利同时受到侵犯，刑事优先，有利于迅速打击犯罪和惩罚犯罪嫌疑人，保障了国家利益。最后，有利于保证判决的协调统一，适用先刑后民处理刑民交叉案件，可以避免不同审判组织对同一事实作出不同的或者相矛盾的判决，从而有效维护司法的权威性。 
       （2）先民后刑。先民后刑，指法院在审理民商事纠纷时，发现涉嫌刑事犯罪，继续审理民事纠纷，刑事部分待民事部分处理完后再审理。刑法的谦抑性是主张先民后刑的基本理论，其价值主张是慎刑、节约，要求以最小的司法资源投入，获得最大的社会效益。刑法的谦抑性主要表现在：对于某种危害社会的行为，国家只有在运用民事的、行政的法律手段和措施仍不足以抗制时，才能运用刑法的方法，亦即通过刑事立法将其规定为犯罪，处以一定的刑罚，并进而通过相应的刑事司法活动加以解决。刑法和民法保护公民人身和财产权利的程度不同，刑法作为权利保障的最后手段，具有补充性。只有严重危害社会的行为，才应当受到刑法的评价，一般的违法行为，可以通过民事和行政手段予以解决。刑民交叉案件往往涉及违法行为与犯罪行为的判断，根据刑法谦抑性原理，能使用民事手段解决的尽量不使用刑法，这样可以最大限度地保障当事人合法权益，防止公权对私权的干预。实践中有一些案件需要在认定民事法律关系的性质后才能更好地处理刑事部分，主要有以下两类案件：一是与知识产权相关的案件，此类案件要确认是否构成犯罪，必须对有关知识产权的权属进行民事判断，此类案件的专业性导致公安机关在侦查上的困难，适用先民后刑解决，不仅能够减少不必要的程序，而且有利于实现诉讼效益的最大化。二是确权案件，如财产权和股权引起的刑民交叉案件，刑事审判首先必须对侵犯对象的权属进行民事确认，才能视归属情况确定行为人在刑事上是否构成犯罪以及是否启动刑事诉讼程序。此类案件中对民事部分的审理结果将直接影响刑事判决的认定，否则可能因为案件事实不清造成冤假错案。 
       （3）刑民并行。刑民并行，指人民法院在处理刑民交叉案件时，当刑事案件的处理结果与民事案件的处理结果互不影响，两者应当分开审理。刑民并行源于公法与私法是平等的理论，民法和刑法有各自的调整范围，两者对当事人权利和国家利益的保护是平等的，不存在保护的优劣与先后。实践中绝大多数刑民交叉案件都可以适用刑民并行原则，因为民事诉讼和刑事诉讼在性质、归责原则以及责任构成要件方面都存在差异，完全可以依据各自的诉讼规律，对案件的实体问题作出判断。《最高人民法院关于审理经济纠纷案件中涉及经济犯罪嫌疑若干问题的决定》第1条和第10条，明确了刑民并行的适用范围，不同法律事实和同一法律事实但非同一法律关系的情况下，都可以将民事诉讼与刑事诉讼分开审理，可以有效地防止公权对私权的侵犯。 
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