尽管行政仲裁有比较完备的程序，与司法程序没有多大区别，而且，因履行劳动合同发生的争议以仲裁为诉讼的必经程序，但它毕竟是一种行政程序。因此，法律规定，在当事人对裁决不服时，可以向人民法院提起诉讼。当劳动争议案件经过仲裁阶段进入司法程序时，必然涉及诉讼时效期间的适用问题。必须明确承认的一点是，当当事人提起诉讼之时，该劳动争议已不再是行政仲裁的对象，而是劳动合同纠纷案件，已经成为应依据民事法律由司法程序处理的对象。法院对劳动争议案件的受理虽然以仲裁为前提，但法院的审理既不应是对仲裁实体认定正确与否的评定，亦不应受仲裁期限的制约，否则，法律的公平、公正何在，司法独立的尊严何在?而没有了法律的公平、公正，司法失去了独立性，公民的权利就无法得到法律的保护。因此，严格区分行政程序与司法程序意义重大。
        关于行政仲裁与劳动合同纠纷案件的不同，最高人民法院曾多次作过说明，例如，最高人民法院在1988年10月19日给陕西省高级人民法院的《关于审理劳动争议案件诉讼当事人问题的批复》中指示，“劳动争议当事人不服劳动争议仲裁委员会的仲裁决定，向人民法院起诉，争议的双方仍然是企业与职工。双方当事人在适用法律上和诉讼地位上是平等的。此类案件不是行政案件。人民法院在审理时，应以争议的双方为诉讼当事人，不应把劳动争议仲裁委员会列为被告或第三人”。在1989年8月10日《对劳动部〈关于人民法院审理劳动争议案件几个问题的函〉的答复》第2条中也指出，“劳动争议当事人对仲裁决定不服，向人民法院起诉的，人民法院仍应以争议的双方为诉讼当事人，不应将劳动争议委员会列为被告或者第三人。在判决书、裁定书、调解书中也不应含有撤销或者维持仲裁决定的内容”。还有，最高人民法院1993年4月15日给四川省高级人民法院的《关于人民法院对集体企业退休职工为追索退休金而提起的诉讼应否受理问题的复函》中指示，“集体企业退休职工因追索退休金而与企业行政发生的争议可视为劳动争议，……当事人可以向企业劳动争议调解委员会申请调解或者直接向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁;如对仲裁不服，可以在收到仲裁决定之日起15日内向人民法院起诉，人民法院经审查后依法受理”。特别是1993年10月20日最高人民法院在给地方各级和各级专门法院的《关于劳动争议案件受理问题的通知》中进一步明确指示，“从通知下发之日起，劳动争议案件由人民法院的民事审判庭受理。1986年11月8日法(研)复〖1986〗32号批复第一条关于劳动合同纠纷案件，暂由人民法院的经济庭受理的规定予以废止”。这些批复、通知说明，最高人民法院在长期的司法实务中，始终坚持了将劳动争议的行政仲裁与劳动合同纠纷的司法解决加以区别的指导方针，并反复明确了对提起诉讼的劳动争议案件，法院应“经审查后依法受理”，并且表示了应作为民事案件来处理的态度。
        案件的性质决定其应适用的诉讼时效期间，因拖欠或克扣工资引起的劳动合同纠纷案件，实质上是受害人请求实现其工资债权的民事诉讼案件。因此，提起民事诉讼的劳动合同纠纷案件理所当然地应该适用民法中关于诉讼时效期间的规定。
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